Меджибіж згадується вперше у 1146 р., коли київський князь Ізяслав Мстиславич дає князеві Святославу Всеволодовичу "Бужский и Межибоже", як зазначає літопис.

Межибіж тоді входив до складу Галицько-Волинського князівства, а у ХІІІ ст. – Болоховської землі. Пізніше, з 2 пол. ХІІІ ст., у Межибожі довгий час господарювали монголо-татари. Після приєднання подільських земель до Великого князівства Литовського в результаті битви на Синіх Водах, коли литовський кнізь Ольгерд розбив монголо-татар, Меджибіж став належати князям Корятовичам. У 1444 р. місто увійшло до складу Польщі, і з 1540 р. стало власністю Сенявських, у володінні яких перебувло понад 200 років.

У 1593 р. Межибожу було надане магдебурзьке право. У ХVІ-ХVІІ ст. ремесло і торгівля досягають тут великого розвитку. На початку ХVІІ ст. у Меджібожі було 12 тис. жителів.

З XV ст. починаються постійні напади кримських татар. Кучманський і Чорний щляхи, якими йшли татари, сходилися недалеко від Межибожа. Важливе стратегічне положення міста обумовило ту значну роль оборонних укріплень Межибожа. Протягом XVI ст. декілька разів біля Меджибожа були зупинені та розбиті татарські загони, а у 1566 р. великий коронний гетьман Микола Сенявський успішно обороняв Меджибіж від турків.

Протягом 1672-1699 рр. місто перебувало під владою турків.

З 1730 р. містом протягом століття володіли Черторийські.

У 1793 р. після другого розподілу Речі Посполитої Меджибож разом із Поділлям був приєднаний до Росії.

Цікавим, але маловідомим фактом є те, що російська влада у 1912-1917 рр. намагалися перейменувати Меджибіж на... Бородіно! На щастя, назва не прижилася.

З 1924 р. Меджибіж є селищем міського типу.

Станом на початок 2016 р. тут мешкає бл. 1,4 тис. мешканців.

Протягом існування міста значну роль у його розвитку відігравали євреї. З ХVІІІ ст. Меджибіж став центром хасидизму. У 1740 р. тут оселився засновник хасидського руху філософ Баал Шем Тов (Бешт), який жив у місті до свої смерті у 1760 р. Зараз Меджибіж є центром паломництва хасидів з усього світу. Більшість будинків на вулиці, що веде до могили Бешта, викуплені хасидами. Поруч із мавзолеєм Бешта збудований готель та інші об'єкти інфраструктури для паломників.

Прекрасний Междибізький замок є популярним туристичним об'єктом. Тут постійно проводяться фестивалі, лицарські турніри. Протягом ХХ-ХХІ ст. через недбалість замок поступово дійшов до катастрофічного стану, але з 2015 р. проводится його реставрація.

Галерея Меджибожа